「毎日水換えをしているのに翌日にはまた緑色に戻ってしまう」という声は後を絶ちません。植物プランクトンは分裂速度が極めて速いため、対症療法ではなく科学的アプローチによる多角的なアタックが必要です。
最も即効性が高く確実な設備投資がグリーンウォーター殺菌灯効果の活用です。配管やフィルター経路に設置するUV殺菌灯（紫外線殺菌装置）は、通過する水に含まれる植物プランクトンのDNAを破壊し、数日で死滅・凝集させます。水槽サイズに適した出力を選定すれば、早ければ48〜72時間でクリスタルクリアな透明度を取り戻すことが実証されています。
薬品や高額な機器を使わないエコな手法として熱い支持を集めているのが、グリーンウォーターミジンコ浄化による生物兵器アプローチです。タマミジンコやオオミジンコは植物プランクトンを主食として捕食するため、濃緑の水槽に適量を投入すると、驚くべきスピードで水を濾過（摂食）していきます。生体（親メダカ）がいるとミジンコが先に食べられてしまうため、別容器に水を分けるか、産卵ネットなどでミジンコの隔離シェルターを作りながら捕食させるのが現場の裏ワザです。
また、即効性のあるケミカル対策としてグリーンウォーター凝集剤使い方を熟知しておくことも有効です。市販の濁り取り剤（ポリ塩化アルミニウム等の無機凝集剤）は、微細なプランクトン同士を結合させて大きなフロック（塊）へと変化させます。フロック化した汚れは物理フィルターのウールマットで一網打尽に濾し取ることが可能となります。ただし、pHの急変動やエラへの沈着リスクを避けるため、規定量の厳守とエアレーションの強化が必須です。
