現在、京都府警は「事故」と「事件」のあらゆる可能性を排除せず、特別捜査本部を中心に総力を挙げた捜査を展開しています。
用水路や河川への転落、山林での遭難といった不慮の事故の線では、潜水班やドローンを投入した地形探索が実施されました。一方で、不審車両による連れ去りや第三者の関与といった刑事事件の線でも、過去の不審者情報データベースの照会や、近隣に出入りしていた不審車両の洗い出しが進められています。
公開捜査を通じて児童の顔写真や当時の服装の特徴が広く周知されており、府警は些細な違和感であっても躊躇せずに警察へ通報するよう、市民への協力を強く呼びかけています。