ファンの間で長年熱烈な考察が交わされているのが、主要キャラクターたちに割り振られた番号の「意味」です。作中における偶然の一致として片付けるにはあまりに符号しすぎている数々の暗号は、冨樫作品ならではの高度なメタファーと見なされています。
まず筆頭に挙げられるのが、不気味な殺人狂であるヒソカの「44番」です。日本語において「4」は言わずと知れた「死」の忌み数であり、それが重なる「44」は「死・死」、すなわち「重なる死」「死神」そのものを想起させます。前年の試験で試験官を半殺しにして失格になったヒソカが、再び死をもたらす災厄として舞い戻ってきた事実を、この2桁の数字が見事に象徴していました。
続いて、主人公パーティの3人にも鮮烈な符号が存在します。
- クラピカ（404番）：インターネットプロトコルにおける「HTTP 404 Not Found（未検出・存在しない）」を想起させるナンバー。幻影旅団によって一族を虐殺され、帰るべき故郷も同胞も「もうどこにも存在しない」クラピカの悲壮な境遇を完璧に投影しているという指摘は、考察界隈で定説となっています。
- レオリオ（403番）：同じくウェブエラーの「HTTP 403 Forbidden（閲覧禁止・拒絶）」に重なります。金が払えず友人を救えなかった過去、そして法外な学費を要求する医学界の閉ざされた門をこじ開けようとする彼の闘志と重なり合います。また「403＝良三（よおさん＝良き医者）」の語呂合わせとも読める重層的な仕掛けです。
- ゴン（405番）：最後の受付者となったゴンの「405」は、「4（死）を越（05）える」あるいはシンプルに「事故（05）なし」で死線をくぐり抜ける主人公の天衣無縫な強運を示唆していると解釈されています。
さらにキルアの「99番」にも見逃せない意味が込められています。「100」という完璧な数字から「1」だけ足りない「99」。これは、ゾルディック家の冷酷な暗殺人形として完成される寸前で踏みとどまり、人間らしさを求めて家を出たキルアの「未完成な心」を雄弁に物語っています。また、漢字の「白」は「百」から「一」を引いた文字であり、キルアのトレードマークである銀髪・白髪や、暗殺者の真っ黒な世界から光の白へと歩み出そうとする精神性を象徴しているという見解も極めて有力です。
そしてイルミ（ギタラクル）の「301番」は、「3（サ）・0（レ）・1（イ）」すなわち「殺意」の語呂合わせ、あるいは数字を足し算すると「3＋0＋1＝4（死）」に行き着くなど、ゾルディック家の長男らしい冷徹な死の記号が刻まれていました。
