生き物としての行動様式にも顕著な差が表れる。ニホントカゲは日陰や湿り気のある土壌、石垣のすき間、倒木の下などを好み、地表近くや半地中で過ごす時間が多い。用心深い性格で、危険を察知すると素早く岩の割れ目や土の中に潜り込んで姿を消す。
これに対してニホンカナヘビは、日当たりの良い低木の上や背の高い草むらの上部を好んで登る。日光浴（バスキング）のために開けた場所に出てきて、葉の上で体を広げる姿が頻繁に観察される。爪を使って枝や草の茎を上手に掴んで移動する能力に長けており、生息域のレイヤー（高さ方向の立体活用）において、巧みな住み分けがなされていることがわかる。
