2026年現在、地球規模の海洋環境の変化は、彼らの生態系に深刻な影響を与えている。海水温の上昇に伴い、マンタの餌となるプランクトンの発生パターンが乱れ、従来の回遊ルートが変化していることが最新のGPS追跡調査で判明した。これにより、観光資源としての遭遇率が低下する地域が出る一方、これまで見られなかった北方の海域で目撃される事例も増えている。
また、マンタはその美しいヒレや、漢方薬の原料とされるエラ（鰓耙）を狙った密猟の脅威に常にさらされている。国際的な保護規制が強化される一方で、密猟ネットワークとのいたちごっこは続いており、海洋保護団体によるドローンやAIを用いた監視体制の構築が急ピッチで進められている。
