ニホンカナヘビの雌雄判別において、爬虫類ブリーダーや研究者が真っ先に確認するのが尻尾の付け根（総排泄孔の尾側）の膨らみです。ここにはニホンカナヘビの生殖器の特徴がダイレクトに反映されています。
オスは総排泄孔（クロアカ）のすぐ後方に、左右一対の生殖器であるヘミペニスを収納しています。そのため、総排泄孔から尾の先に向かって最初の1センチメートルほどがぷっくりと左右に張り出すように膨らんでおり、太さが急激に細くならず緩やかにテーパー（先細り）していきます。真上や真下から見ると、ウエストから尾にかけてのラインが直線的、あるいはやや丸みを帯びて膨らんでいるのが明瞭に分かります。
一方、メスにはヘミペニスが存在しないため、総排泄孔を境にして尻尾の太さが急激に細くなります。下腹部から尻尾へのくびれがはっきりしており、総排泄孔のすぐ後ろに不自然な盛り上がりは見られません。透明なプラスチックケースの下から腹面を観察するか、指で優しく身体を支えて腹側を確認することで、触診せずとも高い精度で見分けることが可能です。
