探索現場で初心者が最も陥りやすい落とし穴が、前述の「砦の遺跡（バスティオンレムナント）」との混同です。遠目から黒っぽい巨大な建築物が見え、「ようやくネザー要塞を見つけた！」と突入したところ、屈強なピグリンブルートの猛攻を受けて全ロスしたというトラブルは日常茶飯事です。
構造的な特徴として、ネザー要塞は独特の暗赤色をした「ネザーレンガ」の柱や橋、回廊で構成されています。一方の砦の遺跡は、黒光りする「ブラックストーン（黒石）」や金ブロックが主成分であり、外観の色調が根本的に異なります。目的とするブレイズロッド 入手方法であるブレイズスポナーや、ネザーウォート 栽培場所となるソウルサンド付きの階段フロアは、ネザー要塞の中にしか存在しません。
さらに、ネット上で散見される「ネザー要塞には必ずブレイズスポナーが2箇所ある」という言説も正確ではありません。地形生成の噛み合わせによって回廊が溶岩湖に寸断されたり、他のバイオームの壁に埋もれた結果、スポナーの生成判定が潰れて1箇所、あるいは稀に0箇所になってしまうケースが存在します。見つけた要塞が欠損だらけだった場合は、無理に執着せず、別の方角にある次の要塞を目指す柔軟な判断が求められます。
