ザクロ酒の仕込みにおいて、最も多くの人が挫折し、かつ仕上がりの品質を決定づけるのがザクロの下処理と実の取り出し方です。ザクロの果皮や果肉を包む白い薄皮（内皮・ワタ）には強いタンニンが含まれており、これが酒の中に混入すると、飲んだ瞬間に舌が収縮するような強い渋みと濁りの原因になります。
この問題を一掃する現場の知恵が「水中ほぐし法」です。まな板の上で無理に粒を外そうとすると、果汁が飛び散ってキッチンや衣服を赤く染めてしまう上、薄皮が細かく砕けて実と混ざり合ってしまいます。以下のステップを踏むことで、果汁を一切無駄にせず、短時間で完璧に可食部のみを抽出できます。
- 頭頂部と底部のカット：ザクロの王冠のような突起部と底を包丁で薄く切り落とします。
- 皮に浅い切れ目を入れる：果実を上から見て、白い筋（房の仕切り）が走っている位置に沿って、皮だけに4〜6箇所縦の切れ目を入れます。中身の粒を断ち切らないよう、刃を入れる深さは数ミリ程度に留めるのがコツです。
- 手で大きく割る：切れ目に親指をかけ、リンゴを割るように外側へパカッと開きます。
- 深めのボウルに水を張って実をほぐす：水をたっぷり張ったボウルの中に割ったザクロを沈め、水中で親指を使って粒を優しく転がすように外していきます。
- 比重の違いで皮と実を分離：実（種と果肉）は重いためボウルの底に沈み、渋みのもとである白い薄皮や破片は軽いため水面に浮かび上がります。浮いた皮を網杓子で丁寧にすくい取り、ザルにあけて水気を切ります。
下処理の最終段階として、実の水気をキッチンペーパーで完全に拭き取ることが極めて重要です。水分が残っているとアルコール度数が局所的に下がり、カビや腐敗の原因となります。また、仕込みに使う保存容器の煮沸消毒（耐熱ガラスの場合）または食品用アルコール製剤（パストリーゼ等）による入念な脱脂・殺菌作業を怠らないことが、長期熟成を成功させる大前提となります。
