閉館発表時に最も多くのファンが心配したのが、「サンピアザ水族館の生き物はどこへ行くのか」という点でした。特に、名物だったゴマフアザラシや、愛嬌のある姿で人気を博したケープペンギンの行方、愛らしい仕草が話題だったコツメカワウソの処遇については、SNSや掲示板で連日議論が交わされました。
結論から言えば、生き物たちの移籍は日本動物園水族館協会（JAZA）のネットワークを通じて極めて綿密に計画され、個体の健康状態や相性を最優先にした譲渡が実施されました。報道発表および受け入れ先の公表データを統合すると、主な移動先は以下の通りです。
寒冷地適性の高い海獣類や大型魚類は、同じ北海道内のおたる水族館や登別マリンパークニクス、さらに札幌市内に新設された都市型水族館「AOAO SAPPORO」などへ分散して受け入れられました。また、繁殖計画（ブリーディングローン）の観点から、一部のペンギンや希少淡水魚は本州の提携施設（新江ノ島水族館や鴨川シーワールドなど）へと引き継がれています。長年現場で生物を見守ってきた飼育員たちの手によって、1頭1羽の健康管理記録とともに安全に搬送されたことが確認されています。
