箕面自由学園高校の大きな特徴は、多様な進路希望と学力層に対応する重層的なコース編成にあります。2026年現在の入試難易度は、最上位クラスからクラブ活動特化型クラスまで明確なグラデーションが形成されています。
最上位に位置する「SS特進コース」は偏差値64〜66前後を誇り、京都大学・大阪大学・神戸大学などの難関国公立大学や、早慶・関関同立の上位学部への現役合格をターゲットに設定しています。これに続く「スーパー特進（S特進）コース」（偏差値58〜60前後）、「特進コース」（偏差値53〜55前後）、そしてクラブ活動と学習の両立を主眼に置く「文理進学コース」（偏差値48〜50前後）が設置されています。
大阪府が推し進める高校授業料無償化政策の拡充に伴い、北摂地域の私立高校全体の専願・併願動向は活況を呈しています。学校公表の入試データおよび大手進学塾の追跡調査によると、特にSS特進コースおよび特進コースにおける併願倍率は堅調に推移しており、公立上位校（千里高校、豊中高校、箕面高校など）の併願先としても強固なポジションを確立しています。
実質倍率においては、一般入試全体で1.05倍〜1.30倍程度で推移していますが、コース間の「回し合格システム」が存在するため、第一志望コースの合格ラインに届かなかった場合でも下位コースで合格を確保できる柔軟な入試制度が採用されています。
