カレー回のような地獄を幾度も潜り抜けた先に、物語はどのような結末を迎えたのでしょうか。全20巻におよぶ長い旅路の果て、主要登場人物たちが辿り着いた「その後」を詳述します。
狂四郎が命懸けで目指した北海道の研究所で、物語はクライマックスを迎えます。独裁政権の中枢であり、日本全土の人間を遺伝子レベルで管理していた超高性能スーパーコンピュータ「ゲイア」を巡る戦いは、ゲリラ部隊や狂四郎たちの決死の突入によって激化。多くの仲間が命を落とす中、狂四郎は己の宿命と対峙し、管理社会の根幹を物理的・電脳的に打ち砕くことに成功します。
過酷な戦いの中で命を散らした死亡キャラクターの数は計り知れません。狂四郎の盟友であった白川は、仲間たちを逃がすための殿軍（しんがり）を務め、壮絶な戦死を遂げました。また、洗脳され狂四郎の敵として立ち塞がったライバルの八尋も、最期には自らの意志と人間性を取り戻し、狂四郎に未来を託して散っていきました。
そして迎えた最終回のその後、生き残った神崎狂四郎と志乃は、文明が崩壊し原始的な静寂を取り戻した北海道の豊かな大自然の中で、ついに本物の肉体をもって抱き合います。2人の傍らには、旅を支え続けた遺伝子改造犬のバベンスキーが静かに寄り添っていました。
便利さや快楽と引き換えに自由を差し出した国家が滅び、世界は荒廃したものの、二人は土を耕し、自らの手で糧を得る原始的で純粋な「真の生」を選択します。数々のトラウマ描写の果てに用意されていたのは、傷だらけの魂が辿り着いた静謐で美しいハッピーエンドでした。
