司祭不在の250年間、隠れキリシタンの信仰を支え続けたのが口伝の祈祷文オラショ（ポルトガル語の「oração＝祈り」が語源）です。文字に書き残せば幕府の摘発を受けるため、オラショは親から子へと耳から耳へ、一子相伝の完全な口頭伝承によって受け継がれました。
その結果、信じがたい言語学的現象が起こります。もともとはラテン語の「パテル・ノステル（主の祈り）」や「アヴェ・マリア」、ポルトガル語の祈祷文であったものが、世代交代を重ねるうちに日本語の音韻構造に同化。「ぐるりよざ」「なびいよ」「さんたまるや」といった、一見すると仏教の真言（マントラ）や神道の祝詞にも似た、呪文のような独自の響きへと変化していったのです。信徒たち自身も個々の単語の意味は理解しておらず、「言葉の意味は分からずとも、この音階と発声そのものに悪霊を払い先祖と交信する聖なる霊力が宿る」と信じられていました。
このオラショを取り仕切ったのが、集落ごとに組織された徹底的な秘密結社です。信徒組織は以下のような厳密なヒエラルキーによって運営されていました。
- 帳方（ちょうかた）：教団の最高指導者。教会暦（バスチャン暦）を密かに管理し、祭礼の日取りを決定する。
- 水方（みずかた）：新しく生まれた子供に洗礼を授ける（「お授け」の秘跡）専門職。清浄な水を使い、定められたオラショを唱えて洗礼名を授ける。
- 聞役（ききやく）：帳方の補佐および各信徒家庭への連絡役。
さらに、彼らは踏み絵を踏んでしまった後、集落全員で「コンチリサンの祈り（痛悔・悔悛の祈り）」を一晩中唱え続け、踏み絵で汚れた魂を洗い流す儀式を行っていました。「踏み絵を踏むのは肉体を生かすための偽装であり、魂は一切神を裏切っていない」という強烈な論理武装を共有することで、共同体全体の精神的崩壊を防いでいたのです。
