FA制度において、戦力均衡を保つために設計されているのが補償システムです。移籍元球団における直前シーズンの日本人選手年俸順位に基づき、選手は3つのランクに分類されます。
FA年俸ランクA・B・Cの基準は以下の通りです。
・Aランク：旧球団内の日本人選手年俸上位1位〜3位
・Bランク：旧球団内の日本人選手年俸上位4位〜10位
・Cランク：旧球団内の日本人選手年俸上位11位以下
Cランクの選手を獲得する場合、獲得球団は旧球団に対して一切の金銭補償や人的補償を支払う必要がありません。これに対してAランクおよびBランクの選手を獲得した場合、移籍先球団は旧球団に対してFA移籍の補償金、あるいは「補償金＋人的補償ルールに基づく選手1名」の譲渡義務が発生します。
人的補償が発生する場合、獲得球団は支配下登録選手の中から外国人選手と直近ドラフトで指名された新人選手を除いたリストを作成し、そこからプロテクト名簿（28名）を指定して旧球団へ提出します。旧球団はプロテクトから外れた選手の中から好きな1名を指名して自軍に迎え入れることができるため、オフシーズンには「誰がプロテクトから漏れたのか」という激しい心理戦がメディアやファンの間で巻き起こります。
