受診者が最も金銭的ダメージを受けやすいのが、健康保険の適用を巡るトラブルです。「整骨院なら数百円でマッサージを受けられる」という俗説を真に受けて窓口へ行くと、後日手痛い代償を払うことになります。
厚生労働省の規定において、整骨院で健康保険（療養費）の対象となるのは「急性・亜急性期の外傷（骨折・脱臼・打撲・捻挫・挫傷）」のみに厳格に限定されています。さらに骨折と脱臼の継続的な後療に関しては、応急手当を除き医師の同意が必須です。
日常生活の疲れからくる慢性的な肩こり、加齢による慢性腰痛、五十肩、ヘルニアの後遺症などは、すべて健康保険の給付対象外であり、100%全額自己負担（自由診療）でなければなりません。ところが一部の施術所では、慢性痛であるにもかかわらず「数日前に重い荷物を持って腰を捻った（捻挫）」といった負傷原因に書類上で改ざんし、不正に保険請求を行う事案が後を絶ちません。
健康保険組合連合会や各保険者は、柔道整復師の療養費支給申請に対する突合点検と二次審査を急速に高度化させています。通院から数カ月後に、受託調査会社から「いつ、どこで、どんな怪我をして通院したか」を問う照会文書が患者宅へ届くケースが急増しています。調査票の回答とカルテの記述に食い違いが生じると、保険適用が遡及して取り消され、過去に遡って施術費全額を返還請求されるという事態が実際に起きています。
