物語の幕引きに伴い、長年読者の関心を集め続けてきた主要登場人物たちの関係性や去就についても、緻密な結末が描かれました。
最も激しい感情の渦を巻き起こしたのが、高杉晋助の死とその後の展開です。虚との死闘において、高杉は自らの肉体に虚のアルタナの血を取り込み、崩壊寸前の命を繋ぎ止めながら銀時と共に戦いました。最後は銀時の腕の中で、互いの魂を認め合いながら静かに息を引き取ります。しかしエピローグにおいて、鬼兵隊の来島また子と武市変平太の前には、アルタナの力によって赤子として転生したとおぼしき高杉の姿が描かれました。明確な言葉での説明は省かれつつも、彼の魂が再び新たな生を得て旅路を歩み出したことが示唆されています。
男女関係やライバル関係の結末も見逃せません。読者の間で絶大な支持を誇る沖田総悟と神楽（通称：沖神）の関係は、安易な恋愛関係に収束することはありませんでした。2年後の世界でも二人は顔を合わせれば即座に殺し合いのような乱闘を繰り広げます。しかしそこには、互いの実力と精神性を誰よりも認め合う「生涯のライバル」としての強固な絆が確立されていました。
また、ストーカーと被害者という関係から始まった近藤勲と志村妙の行方について、法的な結婚という結末には至っていません。近藤は地球を救う外交の過程でゴリラ星のバブルス王女と婚礼を挙げるというギャグ展開を挟みつつも、最終的には江戸へ帰還。妙の営むスナックすまいるや志村道場において、近藤を温かく迎え入れる妙の柔らかな笑顔が描かれました。過激な拒絶から、互いをかけがえのない存在として受け入れる精神的成熟へと関係性が着地しています。
