本作には、本編を一度見ただけでは見落としがちな設定や、放送当時にネット上で飛び交った誤った解釈がいくつか存在します。
まず誤解されがちなのが、「柊一颯は生徒たちを完全に見せしめ・道具として扱っていたのではないか」という批判的な見方です。実際には、彼が教室を爆破し立てこもった最大の動機は、恋人であった相楽文香（土村芳）を精神崩壊に追い込んだフェイク動画の闇を暴くこと以上に、「澪奈の死によって心に癒えない傷を負った生徒たちの未来を救うこと」にありました。もし人質事件を起こさなければ、茅野さくらは生涯「自分が澪奈を殺した」という罪悪感に押しつぶされ、他の生徒たちも自身の浅はかな行動を悔い改めることなく、歪んだ大人になっていたはずでした。
また、地上波最終回直後に配信されたHuluオリジナルストーリー『3年A組―今から皆さんは、人質です― 涙の卒業式』では、人質事件が解決した後の教室で生徒たちだけで行われた「真の卒業式」が描かれています。一颯が残した卒業証書と、生徒一人ひとりに宛てた最後のメッセージは、本編のサスペンス要素から一転し、教育ドラマとしての真摯な結末を補完する重要な裏エピソードとなっています。
