リメイクにあたって施された変更点は、単なるグラフィックの3D化にとどまりません。ゲームバランスの根幹に関わるシステム面において、以下のような劇的な調整が行われました。
まず探索面において最も大きな恩恵をもたらしたのが「石版レーダー」の追加と「シンボルエンカウント」への刷新です。オリジナル版ではマップの隅々を絨毯爆撃のように調べていた石版集めが、レーダーの反応を頼りにスムーズに進められるようになりました。さらに、ランダムエンカウントから視認可能なシンボルエンカウントへ移行したことで、不要な連戦を回避しやすくなり、ダンジョン攻略のストレスが大幅に軽減されています。
一方で、熟練プレイヤーの間で議論を呼んだのが職業システムと特技の仕様変更です。PS版では人間上級職で習得した強力な特技（「ばくれつけん」や「ギガスラッシュ」など）を他の職業にそのまま引き継ぐことができましたが、リメイク版では「上級職で覚えた呪文・特技はその職業の間しか使えない」という制限が設けられました。これにより、過去作のように「全キャラが万能の戦士兼魔法使いになる」大味な育成が抑止され、各職業の個性が際立つバランス調整が図られています。
