バレーボールの印象が先行しがちな同校ですが、教育機関としての骨格はきわめて多彩です。設置されているコースは、国公立大学や難関私大を目指す「特別進学コース」、大分県内唯一の5年一貫教育を行う「看護科・看護専攻科」、調理師免許を高校在学中に取得できる「食物ドリームコース」、多様な進路に対応する「普通科総合選択コース」に分かれています。
入試難易度の指標となる偏差値は、コースの特性によって明確な傾斜が存在します。進路指導部の公開データおよび大分県内の高校受験動向によると、学力最上位に位置する特別進学コースは偏差値55前後、看護科は50前後となっており、総合選択コースや食物ドリームコースは40台前半から中盤のレンジに設定されています。
特筆すべきは、龍谷総合学園のネットワークを活かした進学メリットです。龍谷大学や京都女子大学をはじめとする全国規模の提携大学への指定校推薦枠を保有しており、一般選抜に偏らない多面的な進路開拓がなされています。また、看護科専攻科の修了生は、大分県内の基幹病院や福岡・関西圏の医療法人から引く手あまたの状態が続いており、地方都市の私立校としては傑出した就職安定性を誇っています。