カプセルを利用する上で、コストと並んでユーザーのストレスとなっているのが「抽出後の捨て方とゴミの分別」です。抽出直後のカプセル内部には、圧力調整のための熱湯が約20〜30ml程度残液として閉じ込められており、そのままゴミ箱へ放り込むとゴミ袋の底にコーヒー液が溜まる原因となります。
分別ルールは居住する各自治体によって対応が明確に分かれています。
- 可燃ごみとして一括処理できる地域：多くの自治体では、カプセルを軽く傾けて抽出口から残湯をシンクに流し、水気を切った状態であれば「燃やすごみ（プラスチック複合材）」としてそのまま廃棄が認められています。
- プラスチック製容器包装と可燃ごみの分別が必要な地域：一部の厳格な自治体では、外側のプラスチック容器と内部の湿ったコーヒーかすを分離することが義務付けられています。
刃物を使ってカプセルを切り開く作業は滑りやすく怪我の危険があるため、市販の「カプセルオープナー（カプセルカッター）」を使用するのが安全です。上から押し当てるだけで蓋フィルムを円形にくり抜き、内部の豆かすをスプーン等で素早く掻き出すことができます。取り出したコーヒーかすは乾燥させれば靴箱や冷蔵庫の天然の消臭剤として有効活用できるため、環境負荷や「もったいない」という心理的負担を大きく減らすことができます。
