彦根市立病院を受診するにあたり、最も注意しなければならないのが初診時の紹介状（診療情報提供書）の有無です。国の医療政策に基づき、高度な医療機器や専門医を備えた地域医療支援病院・紹介受診重点医療機関では、かかりつけ医との役割分担が推進されています。
他の医療機関からの紹介状を持たずに彦根市立病院を直接初診受診した場合、通常の診療費（健康保険適用分）とは別に、非紹介患者初診加算料（選定療養費）として7,700円（税込）が請求されます。同様に、病状が安定して他の診療所への紹介（逆紹介）を受けたにもかかわらず同院を受診し続けた場合も、再診時選定療養費（3,300円前後）が発生します。
「少し大きな病院だから安心」と安易に窓口へ向かうと、診察代が一気に跳ね上がるだけでなく、予約枠を持つ再診患者が優先されるため、数時間におよぶ待機時間を強いられるケースが珍しくありません。
彦根市立病院の基本的な外来受付時間は平日の午前8時30分から午前11時まで（※一部診療科によって異なる）となっています。ただし、多くの専門外来は完全予約制または紹介状持参者のみの受付となっており、飛び込みでの当日受診は受け付けられない診療科も存在します。休診日は土曜・日曜・祝日および年末年始（12月29日〜1月3日）です。公式発表の休診情報や各科の週間診療担当医表を事前に確認しておくことが、無駄足を防ぐ第一歩となります。
