仕込みから数日ほど経過したタイミングで発生する天然酵母の発泡現象は、梅の果皮にもともと生息している野生酵母（主にサッカロミセス属などの菌群）が、氷砂糖が溶けて生じた糖分を栄養源として活発に分解を始めることで起こります。酵母菌が糖分を分解すると、二酸化炭素（炭酸ガス）とエタノール（微量のアルコール）が生成されます。底からシャンパンのように立ち上る小さな気泡の正体は、この炭酸ガスにほかなりません。
読者が最も不安を抱くのは「梅シロップ発酵は飲めるか真相はどうなのか」という点でしょう。結論から述べると、酵母による発酵であれば腐敗菌や毒素による汚染ではないため、適切な加熱殺菌を施すことで問題なく飲むことができます。ただし、放置すればアルコール度数が上昇し、風味が変化するだけでなく、密閉容器内の圧力が異常に高まってガラス瓶が破裂する危険性すら伴います。
一方で、警戒すべきはカビの繁殖です。泡とカビを瞬時に見分けるポイントは「質感」「発生場所」「匂い」の3要素に集約されます。
気泡が液体全体から湧き出ている、あるいは表面にビールの泡のようなキメ細かい層ができている状態であれば酵母の発酵です。これに対し、液面にフワフワとした綿毛状の塊が浮いている、あるいは青、黒、緑といった色がついている場合は明確にカビ（真菌）のコロニーです。また、梅シロップのアルコール臭やお酒に似たフルーティーな発酵臭が漂う場合は酵母の活動ですが、鼻を突くようなカビ臭さ、腐敗臭、極端な酸臭を感じる場合は直ちに廃棄を検討しなければなりません。
