手軽で魅力的なトイレットペーパー芯工作ですが、インターネット上では一部に「トイレ空間に置かれていた芯を使うのは不衛生ではないか」という懸念の声も見受けられます。トラブルを未然に防ぐために、衛生管理の実態と正しい知識を把握しておく必要があります。
製紙メーカー各社の公式品質管理基準によると、芯自体は清潔なパルプ原紙から製造されており、通常の使用保管状態であれば細菌繁殖のリスクは極めて低いとされています。ただし、乳幼児が直接口に入れたり舐めたりする可能性がある年齢（0〜1歳半頃）の工作には使用を避けるのが現場の鉄則です。
もし家庭内で衛生面が気になる場合は、以下の実用的な対策をおすすめします。
- 天日干しまたはドライヤー除菌：使用前に半日ほど天日干しするか、温風を当てることで湿気を完全に飛ばす。
- ラップやキッチンペーパーの芯で代用：台所用ラップやホイルの芯、キッチンペーパーの芯をストックしておき、同様の円筒素材として活用する。
- カット時の刃物事故防止：芯は硬さがあるため、子どものハサミでは刃が滑りやすい。最初の切り込み線や硬い部分の裁断は必ず保護者が担当する。
