実店舗ではコード決済が使えない一方で、しまむら公式オンラインストアでは異なる決済システムが導入されています。しまむらオンラインストア支払い方法としては、クレジットカード決済のほか、商品到着後にコンビニ等で支払うしまむら後払い決済（GMO後払い・Paidy等）、そしてd払いやPayPayといった一部のオンライン決済サービスが連携されています。
さらに注目すべきは、オンラインで注文した商品を近隣の実店舗で受け取る「店舗受取」機能です。店舗受取を選択した場合、オンライン上で事前決済を済ませるだけでなく、「店舗レジ支払い」を選択することも可能です。店舗レジ支払いを選べば、普段手元にある信販系ギフトカードや電子マネーを活用してオンライン限定商品を決済できるため、ネットと店舗の利便性を両取りすることができます。
