エレンの最終形態がなぜ人型から大きくかけ離れた「骨の怪物」となったのか、その直接の引き金となったのはパラディ島シガンシナ区の決戦におけるエレン首切断の経緯にあります。
マーレ軍の奇襲を受け、異母兄ジークの「獣の巨人」と接触を図るエレンに対し、対巨人ライフルを構えたマーレの戦士候補生ガビ・ブラウンが放った銃弾がエレンの頸部を直撃。首が宙を舞う絶体絶命の瞬間、ジークがその頭部を辛うじてキャッチしたことで、肉体接触の条件が成立し精神世界「道」へと到達しました。
「道」において、エレンは王家の血を引くジークの「安楽死計画」を拒絶。2000年もの間、王家の奴隷として縛られ続けていた始祖ユミルに対し、「お前は奴隷じゃない、神でもない、ただの人間だ」「決めるのはお前だ」と語りかけました。この始祖ユミルとエレンの契約（魂の解放と共鳴）によって始祖の巨人の真の力が解放されます。
現実世界に戻った瞬間、切断されたエレンの首から光るムカデのような有機生物（有機生命の起源）に酷似した脊髄組織が急激に伸長。首と胴体を接続する過程で爆発的な骨形成が起こり、通常の肉体組織の再生が追いつかないまま、天に向かって肋骨が異常増殖した結果、あの禍々しい「エレン骨の巨人」が誕生することとなりました。
