一般の家電量販店やECサイトでは左右ペア（2個セット）での販売が主流ですが、任天堂公式の「マイニンテンドーストア」ではジョイコンの単品購入（左のみ・右のみ）が常時用意されています。
単品購入の定価は4,114円（税込）となっており、左右セット（定価8,228円・税込）の半額で購入できるため、片側のみ破損した際の経済的負担を大幅に減らせます。さらにマイニンテンドーストアであれば、「ネオンブルー」「ネオンレッド」だけでなく、パステルカラーや限定色など、好みのカラーを選んで購入できる点も大きなメリットです。注文から数日で手元に届くため、プレイの中断期間を最短に抑えられます。
