清原果耶さんの出自に関する公式記録および本人の過去のインタビュー発言を照合すると、実家は大阪府大阪市にあり、両親ともに日本国籍を持つ日本人であることが明確に分かっています。家族構成は、父親・母親・4歳年上の姉・果耶さんの4人家族です。
家庭環境は非常に温かく、両親の教育方針が彼女の精神的自立を支えてきました。父親は一般企業に勤める会社員であり、母親は果耶さんの芸能活動を初期から精神的に支え続けた存在です。果耶という本名の由来について、過去の特番インタビューで「ジブリ映画『もののけ姫』の主人公・アシタカの故郷の少女『カヤ』のように、強く清らかに育ってほしいという願いを込めて両親が名付けた」と本人が明かしています。