ジャカルタへの帯同を検討する保護者が最も神経を尖らせるのが、現地の治安水準と日々の通学における安全性です。ジャカルタ日本人学校の校舎は、ジャカルタ特別州の南西に隣接するバンテン州南タンゲラン市ビンタロ地区（Bintaro Sektor 9）に位置しています。都心の喧騒から離れた緑豊かな広大な敷地を誇る一方、保護者が日常的に暮らす南ジャカルタや中央ジャカルタの主要住宅エリアからは一定の距離が存在します。
校舎の安全管理体制について、学校関係者や安全管理担当者は「東南アジアの在外教育施設の中でも最高水準の防犯設備を敷いている」と証言します。キャンパスの外周は高強度の防護フェンスと無数の監視カメラで囲まれ、正門ゲートには専属の警備員が24時間常駐。保護者や来訪者であっても、事前登録されたIDカードや厳格な手荷物検査・車両底部検査を経なければ敷地内へ一歩たりとも立ち入ることはできません。不測の事態に備えた緊急避難訓練や、警察・警備当局とのホットライン構築も徹底されています。
校内の治安が強固に守られている半面、日常の大きなハードルとなっているのがスクールバス運行ルートと朝夕の交通渋滞です。JJSでは防犯上の理由から、徒歩通学や一般の公共交通機関による個別通学は禁止されており、原則として学校管理・保護者会組織が民間大手バス会社（Blue Birdグループなど）に委託・運行するスクールバスを利用します。
運行エリアは、駐在員が多く居住する南ジャカルタのポンドックインダ、チランドゥック、スナヤン、ダルマワンサ、さらに都心寄りのスディルマン、クニンガンなどの主要アパートメントを広範に網羅しています。しかし、ジャカルタ名物の大渋滞（マチェット）の影響を避けることはできません。始発エリアのアパートでは午前6時前後のバス乗車を余儀なくされ、片道40分から、雨季の豪雨や事故渋滞が重なれば1時間半以上を車内で過ごすケースも日常茶飯事です。幼い児童にとっては乗り物酔いや睡眠不足との戦いになりやすく、保護者の間では「通学時間を最優先してアパートの居住エリアを決める」ことが鉄則となっています。
