かつて人類学者の埴原和郎氏が提唱した「二重構造モデル（縄文人と渡来系弥生人の混血）」は、教科書にも記載される定説だった。しかし、金沢大学の覚張隆史准教授や理化学研究所、国立科学博物館らの共同研究チームが主導した古代人骨の全ゲノム（核DNA）解析により、科学の地平は劇的に更新された。
現在確立された「三重構造モデル」では、日本人のルーツは以下の3つの波によって形成されたことが実証されている。
- 第1の波（縄文人）：約3万8000年前にユーラシア大陸東部から孤立し、列島で独自の狩猟採集生活を送っていた集団。
- 第2の波（弥生人）：約3000年前に朝鮮半島や長江流域から水田稲作技術を携えて渡来した北東アジア系集団。
- 第3の波（古墳人）：西暦300年以降の古墳時代に、高度な金属器文化や織物技術を持って大量に渡来した東アジア系集団（漢民族に近い）。
このゲノム解析の最高峰が、国立科学博物館が公開した「北海道礼文島・船泊（ふなどまり）遺跡出土の縄文人女性（船泊5号）の超高精度顔復元図」である。ゲノム解析によって、彼女の肌の色は日焼けしやすい褐色系であり、毛髪は細くやや縮れ毛傾向、耳垢は湿性、さらにはアルコールを分解する酵素（ALDH2）が活性型で「酒に非常に強い体質」であったことまで特定された。
復元されたその表情は、生命力あふれる褐色の肌に奥深い眼差し、温かみのある厚い唇を持ち、公の場で初公開された際には「どこかの離島で今も元気に暮らしていそうなほど生々しい」と大きな反響を呼んだ。この復元図は、縄文人が決して遠い空想上の存在ではなく、私たちの肉体にDNAとして確実に息づいていることを証明した歴史的成果である。
