JR神戸駅の構内は、高架下にホームが配置されたシンプルな構造となっており、中央改札口とビエラ口（商業施設直結）の2箇所からアクセスできます。出口は大きく分けて「山側（北口）」と「海側（南口）」の2系統です。
北口（山側）を出ると、目の前には由緒ある「湊川神社」の緑が広がり、広大なバスターミナルが整備されています。神戸市バスの主要系統が発着し、新開地・夢野方面や有馬街道方面への市民の足として機能しています。
南口（海側）は、神戸ハーバーランドへの玄関口です。駅前広場からエスカレーターまたはエレベーターを降りると、地下街「デュオこうべ（浜の手）」へ直結しており、雨の日でも地上に出ることなく移動できます。
旅行者にとって重要なコインロッカーは、中央改札口を出てすぐの東西コンコース沿い、および「ビエラ神戸」内に複数箇所設置されています。交通系ICカード決済に対応した大型ロッカー（スーツケース対応サイズ：700円〜900円/日）が充実しており、平日午前中であれば比較的余裕を持って確保できます。満車の場合でも、地下街デュオこうべ内やハーバーランドumie内のロッカー群へスムーズに分散可能です。
