戦いの発端は、ナルトにとって師であり名付け親でもあった伝説の三忍・自来也の訃報でした。暁のリーダーであるペインの正体を探るべく雨隠れの里に単身潜入した自来也は、かつての弟子であった長門たちの変わり果てた姿と対峙し、壮絶な戦いの末に命を落とします。遺された「本物はいない」という謎の暗号を託された木ノ葉隠れの里に、深い悲しみが包まれました。
自来也の死に打ちひしがれるナルトは、師の遺志を継ぐ決意を固め、妙木山で蝦蟇の仙人・フカサクのもと過酷な「仙術修業」に入ります。しかしその修業の最中、ついにペイン六道と小南が木ノ葉隠れの里へ急襲を仕掛けました。
はたけカカシをはじめとする歴戦の手練れたちが次々と倒れ、里の情報網が寸断される中、ペイン六道のリーダー格である天道は上空へと浮上。冷徹な宣告とともに放たれた超大型の術「神羅天征」によって、木ノ葉隠れの里は中心部から一瞬にして巨大なクレーターへと吹き飛ばされ、未曾有の壊滅状態に陥りました。
