熊本地方合同庁舎の敷地内には「A棟」と「B棟」の2つの建物が並んでおり、初めて訪れる方が最も迷いやすいポイントとなっています。A棟は地上12階建ての高層建築であり、金融・経済・通信・労働・行政監視などを担う中枢省庁の地方出先機関が入居しています。
主要な入居官庁としては、地域経済や財政・金融行政を統括する九州財務局、情報通信行政や放送・電波利用を監督する九州総合通信局、国の行政運営に対する苦情や相談を受け付ける熊本行政評価事務所、さらには労働基準や雇用環境を司る熊本労働局などが挙げられます。
フロア構成は、低層階に来庁者の多い相談窓口や会議室が配置され、中高層階に各局の総括部署や専門検査部門が配置されています。各階のエレベーターホールには案内看板が設置されていますが、セキュリティ扉で区画されている部署もあるため、訪問先の「階数」と「部署名」を受付時に明確に控えておくことが肝要です。