豚軟骨を煮込んだ際、ある条件を満たすと骨とは思えないほどプルプルとした食感に変化します。この現象の背景には、肉の筋膜や軟骨に豊富に含まれる不溶性コラーゲンが水溶性ゼラチンへと変化する「熱変性（加水分解）」のメカニズムが存在します。
豚軟骨の白色をした骨部分は、主に「I型およびII型コラーゲン」とプロテオグリカンという糖タンパク質で構成されています。これらは常温や短時間の加熱では非常に強固な三重らせん構造を維持しており、噛み切ることができません。しかし、品温が65℃を超えると徐々に構造が緩み始め、85℃〜95℃の環境下で一定時間以上加熱されることで、完全にゼラチン分子へと分解されます。これが「豚軟骨を柔らかくする方法」における物理的な真相です。
一方で、強火で急激に沸騰させ続けたり、加熱時間が不足したりすると、周囲の赤身筋肉の筋原線維タンパク質（アクチンやミオシン）が急激に脱水・収縮し、肉質がパサついたまま軟骨だけが硬化してしまいます。つまり、「適正な温度域をキープしながら、コラーゲンが分解するのに十分な時間をかけること」こそが、トロトロのソーキ煮を作り出す唯一のルートです。
