患者から最も多く寄せられる疑問が「ビオフェルミン配合錠とミヤBM錠はどう違うのか」という点です。両者の決定的な差異は、「菌の生存力（芽胞形成能）」と「抗生物質に対する抵抗力」の2点に集約されます。
ビオフェルミン配合錠の主成分は乳酸菌（ラクトミン）および糖化菌ですが、通常の乳酸菌は胃酸や胆汁酸などの強酸・消化液に弱く、多くが腸に届く前に死滅してしまいます（死菌にも一定のプレバイオティクス効果はありますが、生菌としての定着力は劣ります）。対して宮入菌は、周囲に硬い殻のようなシェルターを作る「芽胞（がほう）」と呼ばれる特殊な休眠状態を形成します。この芽胞構造が強力な耐酸性・耐熱性を発揮するため、強烈な胃酸をほぼ無傷で通過し、大腸に到達してから発芽して増殖を開始します。
さらに重要なのが、抗生物質（抗菌薬）との併用理由です。風邪の二次感染予防や呼吸器・耳鼻科領域の治療で抗生剤が処方されると、病原菌だけでなく腸内の善玉菌まで広範囲に死滅し、副作用として激しい下痢（薬剤性腸炎）が引き起こされます。ビオフェルミン配合錠に含まれる乳酸菌は抗生物質によって死滅してしまいますが、ミヤBM錠の宮入菌は芽胞に守られているため、広範囲の抗生物質が存在する環境下でも生き残ることができます。そのため、医療現場では「抗生剤を飲むときはミヤBM（または抗生剤耐性乳酸菌製剤であるビオフェルミンR）」をセットで処方するのが鉄則となっています。
