ゲンガー単体での判別が難しい場合、進化前のゴースやゴーストの段階で色違いを識別するのが最も安全なアプローチです。進化ラインごとの明確な相違点と判別テクニックを整理しました。
まず初期形態のゴースですが、通常色は黒い球体に紫色のガスをまとっているのに対し、色違いは「本体が青みがかった紫色で、周囲のガスが水色（シアン系の淡い青）」に変化します。暗がりでもガスの色合いが明確に異なるため、ゴースの色違い見分け方は比較的容易です。
次に中間進化のゴーストは、体色はゲンガー同様にやや薄くなる程度で見分けづらいものの、決定的な識別部位が存在します。それが「舌の色」です。通常色のゴーストはピンク色の舌を出していますが、色違いのゴーストは舌が鮮やかな青色（群青色）に変わります。口を開けたモーションを確認すれば一撃で見分けがつきます。
最終進化のゲンガーになってしまうと特徴的な部位変化がないため、最も頼りになるのは戦闘開始時やエンカウント時に発生する「光のエフェクト」と効果音です。画面右上のアイコン表示（作品による）や、星型・菱形に輝く演出を見逃さないことが、誤って逃走やリセットをしてしまう悲劇を防ぐ唯一の防壁となります。
