ネット上のオカルトコミュニティやまとめサイトでは、この歌に対して背筋が凍るような「怖い意味」がまことしやかに語られています。その代表格が「戊辰戦争の暗号説」と「猟奇的隠蔽説」です。
戊辰戦争の暗号説では、明治元年（1868年）の戊辰戦争時、熊本に駐留した新政府軍（薩長軍や関東からの官軍）と旧幕府軍の密偵のやり取りを描いたものだと主張されます。「あんたはどこから来た？」「肥後だ」「肥後のどこだ？」「船場だ」と問い詰め、相手が敵の潜入スパイ（狸）であることを見破って銃殺し、遺体を隠した（木の葉でちょいと隠せ）という生々しい戦時暗号であるという解釈です。
さらに過激な都市伝説では、「狸」を被差別階級の人々や脱走兵の隠語とし、「煮てさ 焼いてさ 食ってさ」を凄惨なリンチや処刑の隠喩であると結びつける言説も存在します。しかし、当時の軍事記録や民俗資料を精査しても、この歌が軍事暗号として運用された公式な証拠は一切存在しません。
民俗学の研究者らによるフィールドワークでは、タヌキを狩って鍋にする（狸汁）文化は日本各地の山間部でごく一般的に見られた食習慣であり、「木の葉でちょいと隠せ」も獲物の残りを保存したり獣害から隠したりする猟師の素朴な知恵、あるいは「化け狸が木の葉を頭に乗せてドロンと消える」民話的モチーフを取り入れた遊戯的なオチに過ぎないと結論付けられています。
