下鴨神社を語るうえで避けて通れないのが、北方に位置する上賀茂神社（正式名称：賀茂別雷神社／かもわけいかづちじんじゃ）との深い対関係である。二社はあわせて「賀茂社」と総称され、古代神道における重要な役割を果たしてきた。
賀茂御祖神社に祀られている主祭神は二柱。東本殿には玉依姫命（たまよりひめのみこと）、西本殿にはその父神である賀茂建角身命（かもたけつぬみのみこと）が鎮座する。玉依姫命は安産や育児、良縁成就の神様として古くから熱い信仰を集めてきた。水辺で流れてきた矢を拾い、賀茂別雷命を授かったという伝説は、日本の神話世界においても特に流麗で神秘的なエピソードとして語り継がれている。
