医学部受験界において、自治医科大学は一般的な私立医学部とは全く異なる選考形態をとっています。河合塾や駿台予備学校が公表する最新の偏差値データにおいて、自治医科大学医学部の偏差値は67.5〜70.0前後に位置付けられています。これは地方国公立大学医学部の上位から、旧帝国大学医学部下位層に匹敵する極めて高い難易度です。
自治医科大学の最大の特徴は、全国47都道府県に均等に定員が割り振られている点にあります。医学部の総定員は123名程度であり、各都道府県からの合格者は原則として2〜3名（一部都道府県で例外あり）に厳しく絞り込まれます。この選考システムが、入試の過酷さを跳ね上げる直接的な要因となっています。
選考は二段階で行われます。第1次試験は出身高校や居住地のある各都道府県の会場で実施される筆記試験（英語・数学・理科2科目）および面接です。第1次試験を突破した各県上位者（通常5〜8名程度）のみが、栃木県下野市の大学本部で行われる第2次試験（小論文および個人面接・集団面接）へと駒を進めます。
受験者数が数百人にのぼる東京都、神奈川県、愛知県、大阪府といった大都市圏では、実質倍率が20倍から30倍超に跳ね上がることも珍しくありません。一方で、志願者数が比較的落ち着いている地方県であっても、地元のトップ進学校のエース級が枠を争う構図は共通しており、単純な倍率以上の学力勝負が展開されています。
