男性割礼の医学的妥当性をめぐっては、世界保健機関（WHO）や米国小児科学会（AAP）などの公的機関による見解と、個人の身体自己決定権を訴える人権団体の間で長年議論が交わされてきました。
公衆衛生・医学的観点から示されるメリット
- HIVおよび性感染症の感染予防：WHOおよびUNAIDSの臨床研究データによると、成人男性の割礼により、異性間性交渉におけるHIV感染リスクが約50〜60％低減することが証明されています。包皮内側の粘膜にはHIVが標的とするランゲルハンス細胞が多く存在するため、切除によって侵入経路が減少するためです。
- 衛生環境の維持と疾患予防：恥垢（スメグマ）の蓄積を防ぐことで亀頭包皮炎を予防できるほか、陰茎がんやヒトパピローマウイルス（HPV）感染、ひいてはパートナーの子宮頸がんリスクを低下させるエビデンスが報告されています。
デメリットと「子どもの権利」をめぐる倫理的批判
一方で、新生児や乳幼児期に施す割礼には強い批判も存在します。手術に伴う術後出血や感染症のリスク、稀に生じる尿道狭窄などの外科的合併症に加え、「本人の同意（インフォームド・コンセント）を得られないまま不可逆的な身体改変を行うこと」に対する倫理的疑義です。
ヨーロッパ諸国（ドイツや北欧諸国など）の法曹・医師会では、「宗教の自由」と「子どもの身体の不可侵権」のどちらを優先すべきかをめぐり、法的な制限やガイドラインの厳格化が継続的に議論されています。
