本作のストーリーテリングにおける最大の特徴であり、初見プレイヤーが最もつまずきやすいのが「真エンディング」および「ゴールデンエンディング（後日談）」への到達フラグです。些細な選択肢の誤りによってバッドエンドへ直行するトラップが複数用意されています。
真の結末を迎えるためには、以下の厳密なタイムラインと手順を踏む必要があります。
1. 12月3日：病室での運命を分ける6つの選択肢
事件の容疑者である生田目と対峙する病室のイベントでは、感情に流されず以下の選択肢を順番に選ぶ必要があります。1つでも間違えると即座にバッドエンドが確定します。
- 「ちょっと待て」
- 「まだ分からないことがある」
- 「生田目の本心」
- 「何かを見落としている」
- 「落ち着け！」
- 「真犯人は別にいる」
2. 12月5日：真犯人の特定
仲間たちと推理を行う場面で、事件の黒幕である「足立透」を正確に名指しする必要があります（3回誤るとバッドエンド）。
3. マリーのコミュ（永劫）を12月23日までにランクMAXにする
『P4G』追加エンディングの絶対条件です。12月23日までに永劫コミュをRANK10にしておき、翌年1月2日にベルベットルームのマーガレットへ挨拶に行った際、「マリーを探す」という選択を確定させることで、2月13日の追加ダンジョン「虚ろの森」が解放されます。
4. 3月20日（最終日）：帰宅の誘いを断りフードコートへ
街中のコミュMAXキャラ全員に挨拶を終えた後、「家に帰りますか？」というシステムメッセージに対して「いいえ」を選択します。その後、ジュネスのフードコートへ向かい、エレベーターを調べ、河川敷の堂島・菜々子と会話した上で、再びベルベットルームへ突入。最後にベルベットルームを出て商店街のガソリンスタンド店員（雨の日以外も滞在）に話しかけることで、真の黒幕「伊邪那美（イザナミ）」のダンジョンへと進むことができます。
