マスクケースを自作する際、素材選びによって衛生性能に大きな差が生まれます。100円ショップの文具コーナーには、通常の透明ファイルのほかに「抗菌クリアファイル（SIAAマーク取得品など）」がラインナップされています。無機抗菌剤が練り込まれたファイルを使用することで、ケース内面における特定細菌の増殖を抑制する効果が期待できます。
しかし、素材自体の抗菌性能を過信することは禁物です。マスクケースの衛生状態を保つ本質は、日常的な拭き取りメンテナンスにあります。クリアファイルに使用されているポリプロピレン（PP）樹脂は耐薬品性に極めて優れており、濃度70〜80%のエタノール消毒液や次亜塩素酸水で拭いても白化やひび割れが起きにくい特性を備えています。
食事の際に外したマスクを一時収納する「仮置き」用途では、内面だけでなく外面にも指先の皮脂や飛沫が付着します。帰宅時に除菌シートでケースの内外をサッと一拭きし、乾燥させておく習慣をつけることが、バッグ内での二次汚染を完全に防ぐセオリーです。
