シーボルトの湯を訪れる観光客が最も陥りやすいトラブルが、「日帰りスーパー銭湯や観光旅館と同じ感覚で訪れてしまうこと」です。
本施設は嬉野市が管理・運営する公営の「公衆浴場（町湯）」です。そのため、高級旅館のような手厚いアメニティサービス（無料のボディソープ、シャンプー、フェイスタオル等の常設）は用意されていません。現地で購入も可能ですが、お気に入りの入浴セットやスキンケア用品がある方は事前にマイお風呂セットを持参することが必須となります。
また、貸切風呂（家族風呂）の予約システムに関しても誤解が見られます。混雑期や連休中は当日枠がすぐに埋まる傾向があるため、週末や観光シーズンにプライベート利用を検討している場合は、時間に余裕を持ったスケジュール管理が求められます。
館内2階には、かつての公衆浴場の歴史資料やシーボルトに関する展示コーナー、畳敷きの無料休憩室が整備されています。単に風呂に入るだけでなく、湯上がりに大正建築のレトロな窓から嬉野川の流れを眺めながら過ごす時間こそが、この施設最大の隠れた醍醐味です。
