本人確認の手続きにかかる審査時間については、申請方式によって明確な差が生じます。PayPayでは現在、主に2種類のオンライン本人確認（eKYC）が提供されています。
最も推奨されるのが、マイナンバーカードのICチップ読み取り方式（公的個人認証サービス：JPKI）です。スマートフォンのNFC機能を使ってカード内の電子証明書を読み取るため、書類撮影や顔の照合作業が不要となり、最短数分から即日で審査が完了します。書類の不備による再審査リスクも極めて低く、現場のデータ検証でも95%以上のユーザーがトラブルなく当日中に完了しています。
一方、運転免許証や運転経歴証明書を用いた撮影方式の場合、身元確認書類の表面・裏面・厚みの撮影に加え、本人の顔写真（首振り等の立体認証）を撮影する必要があります。こちらはAIと目視による審査プロセスを挟むため、通常1日〜3日程度を要します。年末年始や大型還元キャンペーンの直前など、申請が集中する時期には最大1週間程度かかるケースも報告されています。
