水産大学校を理解する上で避けて通れないのが、「省庁大学校」という法的な位置づけです。東京大学や京都大学をはじめとする一般的な国公立・私立大学は文部科学省の管轄（学校教育法第1条に定められた「大学」）ですが、水産大学校は農林水産省が所轄する「国立研究開発法人水産研究・教育機構」によって設置・運営されています。
この組織構造の違いは、教育方針や修業環境に以下のような明確な差別化をもたらしています。
まず学位の取得についてです。省庁大学校の卒業時には直接学士が授与されるのではなく、独立行政法人大学改革支援・学位授与機構に申請し、審査に合格することで文科省認可の一般大学卒業と同一の「学士（水産学）」の学位を取得します。教育水準やカリキュラムは大学基準を満たしているため、他大学の大学院への進学も全く問題なく行われています。
さらに際立っているのが、現場直結の実践教育と国家試験免除システムです。本校の海洋生産管理学科や海洋機械工学科を専攻し、専攻科へ進むルートでは、大型船舶の船長や機関長を目指すために不可欠な「海技士 国家資格（3級海技士・航海／機関）」の筆記試験が免除され、修了と同時に国家試験受験資格と乗船履歴の要件をクリアできます。一般大学の水産学部では研究者を育成する基礎科学に比重が置かれがちですが、水産大学校は「産業界の最前線で即座に指揮を執れる幹部技術者」の養成に特化している点が決定的な差異といえます。
