課外活動において全国区の知名度を誇るのが藤園中学校合唱部です。NHK全国学校音楽コンクールや全日本合唱コンクールにおいて、熊本県代表および九州代表として幾度となく全国大会へ出場し、金賞・銀賞をはじめとする数々の栄冠を獲得してきました。その透き通るようなハーモニーと高い表現力は、地域や全国の合唱ファンから絶賛されています。
合唱部以外にも、吹奏楽部や陸上競技部、バスケットボール部、剣道部などが活発に活動しており、限られた練習時間の中で効率的に結果を出す工夫が凝らされています。
また、生徒の着心地や機能性、ジェンダーレスへの配慮から導入された新制服も定着しています。落ち着いたネイビーを基調としたブレザースタイルで、スラックスやスカートの選択が自由にできるなど、現代の多様性に即したデザインが生徒・保護者双方から好評です。
