戦後、陸海軍が解体された後も、旭日旗は日本の防衛組織のシンボルとして継承されました。現在、自衛隊旗としての旭日旗は、法令に基づいて正式に定められた旗として国内外で運用されています。
1954年の自衛隊発足に伴い、陸上自衛隊には光条が8本の「自衛隊旗（連隊旗）」が、海上自衛隊には旧海軍と同じ16条の「自衛艦旗」が政令（自衛隊法施行令）によって交付されました。これらは単なる装飾ではなく、国家の防衛を担う部隊の識別標識です。
特に海上自衛隊の自衛艦旗は、国連海洋法条約（UNCLOS）をはじめとする国際法上の位置づけにおいて、自衛隊の艦船が「国家に所属する公船・軍艦」であることを国際社会に示す不可欠な旗（海軍旗・エンサイン）となっています。国際慣習法上、軍艦旗を掲示しない航行は海賊船と同等と見なされるリスクがあるため、自衛艦が旭日旗を掲げて寄港・航行することは国際ルールに完全合致した正当な行為です。
