鑑賞後の特設ショップエリアも、高畑勲展の大きな魅力です。スタジオジブリの公式常設店（どんぐり共和国など）では決して手に入らない、高畑勲展限定グッズが多数ラインナップされています。
特に人気を集めているのは、『アルプスの少女ハイジ』のオープニングでおなじみのブランコシーンをモチーフにしたアクリルスタンドやピンズ、そして『かぐや姫の物語』の繊細な墨絵タッチを忠実に再現した絵はがきセット、額装アートプリントです。また、劇中に登場するモチーフを上品にあしらったトートバッグや手ぬぐいは、日常使いしやすいデザイン性の高さから早期に欠品が発生する傾向にあります。
そして、来場者が必ず悩まされるのが「公式図録」の購入方法です。本展の公式図録は、単なるビジュアルブックではありません。高畑監督が遺した膨大な覚書、評論家や共同制作者による詳細な論考、未公開インタビューが400ページ以上にわたって凝縮された「日本アニメーションの第一級学術資料」となっています。
しかし、その重厚さゆえに重量は約1.5キログラムに達します。鑑賞で体力を消耗した後にこれを持ち歩くのは相応の負担となるため、高畑勲展図録通販の需要が極めて高くなっています。展覧会公式サイトや提携オンラインショップにて事後通販が実施されている期間中は、現地では小物グッズのみを購入し、図録は自宅へ配送指定する立ち回りが、経験者の間では定番のテクニックとなっています。
