ひまわりの種を食べる際に最初に直面するのが、「殻の扱い」と「加熱の必要性」です。結論から述べると、外側の黒や縞模様の殻は食べずに剥き、内側にある白っぽい仁（中身）だけを食べます。外殻は極めて硬い繊維質（リグニンやセルロース）で構成されており、人間の消化器官では分解できません。殻ごと飲み込んでしまうと、胃腸に深刻な負担をかけ、消化不良や便秘、最悪の場合は腸閉塞を引き起こすリスクがあります。
殻を剥く方法には、道具を使う手作業と、本場アメリカや台湾で日常的に行われている「口の中で割る方法」の2通りが存在します。
【手で剥く場合】：
種の尖った部分と丸みを帯びた部分を指で持ち、爪の先や小さなキッチンバサミで筋に沿ってパキッと割れ目を入れます。その後、指先で左右に開くことで、中の仁を崩さずに綺麗に取り出すことができます。料理やお菓子作りにまとまった量を使いたい場合は、平らなバットに種を並べ、麺棒などを軽く転がして殻にヒビを入れてから指で外すと効率的です。
【メジャーリーガー流・口の中で割る場合】：
種を縦向きにして前歯の間に挟み、軽く「パチン」と音がする程度に圧力をかけます。殻に亀裂が入ったら、舌先を使って殻と中身を分離し、仁だけを奥歯へ送って噛み砕き、殻を唇の端からペッと吐き出します。慣れないうちは口内を殻の破片で傷つける恐れがあるため、初心者は無理をせず手で剥いて食べることをおすすめします。
「生で食べられるか」という疑問に対しては、食用として市販されている生サンフラワーシードであれば生食可能ですが、加熱（ロースト）して食べるのが衛生面・風味面ともに推奨されます。生の種には微細な雑菌（サルモネラ菌など）が付着している可能性がゼロではなく、また植物が持つ酵素阻害物質（フィチン酸など）が含まれているため、加熱することで消化吸収率が高まり、ナッツ特有の芳醇なナッツ香と甘みが引き出されます。
