本作のメイン軸である工藤新一と毛利蘭の恋愛劇は、言葉を交わさずとも通じ合っていた幼少期から、明確な言葉と身体的接触を伴う大人の関係へと段階的な進化を遂げてきました。
その最初の頂点が、英国ロンドンを舞台にした「ホームズの黙示録」（原作71〜72巻／アニメ616〜621話）です。解毒剤で一時的に元の姿へ戻った新一は、電話越しに誤解から涙を流す蘭をビッグベンの前で引き止めます。そこで放たれたセリフこそ、推理小説史に残る珠玉の名言でした。
「厄介なんだよオメーは！オメーは厄介な難事件なんだよ！余計な感情が入りまくって、たとえオレがホームズでも解くのは無理だろーぜ！好きな女の心を…正確に読み取るなんてことはな！」
論理と理性を最優先にしてきた名探偵が、「論理では割り切れない好意」を白状した瞬間でした。当時のSNSやアニメ放送時の反響は凄まじく、リアルタイム検索トレンドを独占する社会現象となりました。
そして物語は、連載1000話記念として執筆された「紅の修学旅行」（原作94〜95巻／アニメ927〜928話）へと受け継がれます。京都の清水寺、舞台の欄干で新一から「オレの告白の返事は？」と問われた蘭は、新一のネクタイを引き寄せ、自ら頬にキスをするという大胆なアクションで応えます。
直後に薬の効果が切れかけ悶絶する新一ですが、後日届いた蘭からのメール「わたしたち、付き合ってるって事で、いいんだよね？」に対し、新一が「付き合ってるに決まってるだろ！」と返信したことで、名探偵コナン公式カップルとしての関係が不可逆なものとして確定しました。
