『女王の教室』は、放送開始当初、日本のテレビドラマ史上でも稀に見る猛烈なバッシングを受けました。「小学生に対する精神的虐待である」「いじめを助長する」として、第1話〜第4話の放送直後には日本民間放送連盟やBPOに抗議電話が殺到。一部スポンサーが提供クレジットの表示を取りやめる事態にまで発展しました。
しかし、物語が中盤から終盤へと進むにつれ、真矢の指導が「甘やかされた子供たちに理不尽な現実を教え、自ら考え連帯させるための命がけの教育」であったことが明らかになります。インターネット掲示板や当時のコミュニティサイトでは、批判から一転して「真矢の言葉は本質を突いている」「これこそが真の教育ではないか」と絶賛の声が溢れ返りました。
作中で真矢が言い放った「愚か者や怠け者は、差別と不公平に苦しむ」「いい加減目覚めなさい」というセリフは、2026年代以降のSNSや動画配信プラットフォームでも切り抜き動画等で度々バズを生み出しており、今の時代だからこそ刺さる名言として若い世代にも再発見されています。