滞在の拠点となる客室は、建物の構造を最大限に活かした個性豊かなレイアウトが特徴です。旧酒造の麹室（こうじむろ）を改装した客室や、蔵人の居住空間であった場所など、それぞれに固有の歴史的背景とストーリーが宿っています。
NIPPONIA出雲平田木綿街道の部屋と料金の相場をチェックすると、1泊朝食付きで1室あたり約35,000円〜70,000円前後（2名利用時、時期や曜日により変動）が標準的な目安となります。天井が高く開放感のあるメゾネットタイプや、坪庭を望む落ち着いた和洋室など、どの部屋もプライベート性が高く設計されています。決して安価な価格帯ではありませんが、1棟あたりの客室数が限定されているため、混雑とは無縁のプライベートな時間を過ごせる価値を考慮すれば、十分に納得感のある設定といえます。
